Renæssancetårnet er opført i 1582-91 på foranledning af statholder Christoffer Valkendorf.  Røde munkesten, og vægtergang på underetagen. Tekantsfordakninger over vinduesåbningerne. Det oprindelige spir var pyramidespir, men det styrtede ned i 1628. Det blev erstattet af et nyt spir, der dog gik tabt i branden i 1795, der ødelagde hele kirken undtagen tårnet. Tårnet var derefter spirløst indtil 1909, da brygger Carl Jacobsen bekostede det nuværende kobbertækkede lanternespir i stil med det forrige.

Over indgangen i tårnet en statue af Sct. Nikolaj. Tårnet har store støttepiller forneden. Selve kirken blev ikke genopført efter branden i 1795 indtil 1914-17, og da til andre formål som f.eks museum, bibliotek, foredragssal. Dog er den i form af en kirkebygning fra renæssancen.